基因型填充
- fillGenotype
- beagle
基因型填充(Genotype-Imputation)：从原理到操作 - 知乎 (zhihu.com)
建树软件
- SVDQuartets
j-chou/SVDquartets (github.com)
image.png
图片来源
单倍型网络
PopART官网
群体遗传PopART 绘制 Haplotype Network 图解(By Raindy)
杂交渐渗：
- BPP
- TWISST:https://github.com/simonhmartin/twisst
教程生信教程：使用拓扑加权探索基因组进化（2） - 简书 (jianshu.com)
-treemix
https://bitbucket.org/nygcresearch/treemix/downloads/
https://github.com/carolindahms/TreeMix
https://github.com/marcomilanesi/BITE
群体遗传学之Treemix分析 & 最优m值判定
- DSUITE
- ABBA-BABA WINDOWS
- HyDe
- QuIBLQuIBL学习 - 简书 (jianshu.com)
- SNaQ
- PhyloNet网状进化
- Dfoil:https://www.github.com/jbpease/dfoil
Dfoil - 推断祖先基因流 - 简书 (jianshu.com)
越古老的渐渗片段通过重组和自然选择会越来越短，通过渐渗区域的长短可以判断基因流的时期。
- MSCquartets package - RDocumentation：
对基因树进行分析，适合有组装好的基因组鉴定出来的直系同源基因。
- TICR
- D3
- Dp
- Shuhua-Group/ArchaicSeeker2.0 判断祖先基因流。
- hmmix
hmmix
- S*
S* and Archaic match p-values
bvernot/freezing-archer: Tools for identifying introgressed archaic sequence. (github.com)
NEE2023 Ghost admixture in eastern gorillas
物种树构建后的基因渗入检验方法 —BIO-101 (bio-protocol.org)
建树软件合集参考：系统发育常见软件与在线工具合集 - 简书 (jianshu.com)
群体结构：
- finestructure
- structure
- admixture
- admixtools
- Dxy
- vcftools
- plink
- 遗传成分画图
https://mp.weixin.qq.com/s/dhgMn6G-_60-8b9ZOo8upA
mapmixture
估算分化时间
- mcmctree
paleobiodb&timetree查找物种分化时间 - 简书 (jianshu.com)
mcmctree估算物种分歧时间 - 简书 (jianshu.com)
物种分歧时间、分子进化速率计算（TimeTree、PAML mcmctree、codeml 、MEGA 看这一篇文章就够！) - 知乎 (zhihu.com)
群体历史：
- momi2
- msmc2
- psmc
- fastsimicoal2
群体历史画图
-DemesDraw
DemesDraw
基因功能富集：
- agriGO
-
文章
DETECTABILITY OF VARIED HYBRIDIZATION SCENARIOS USING GENOME-SCALE HYBRID DETECTION METHODS
该文章对检测杂交事件流行的软件和方法进行了评测，TICR,MSCquartets, HyDe, Patterson’s D-Statistic (ABBA-BABA), D3, and Dp。摘要里提到MSCquartets是最准的。
群体选择
- SweeD【群体内选择信号】SweeD--CLR选择 - 知乎 (zhihu.com)
- XP-CLR